隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質(zhì)量提高的要求，國內(nèi)外都在積極發(fā)展綠色農(nóng)業(yè)(生態(tài)有機農(nóng)業(yè))來生產(chǎn)安全、無公害的綠色食品。生產(chǎn)綠色食品過程中要求不用或盡量少用(或限量使用)化學(xué)肥料、化學(xué)農(nóng)藥和其它化學(xué)物質(zhì)。它要求肥料必須首先保護和促進施用對象生長和提高品質(zhì)；其次不造成施用對象產(chǎn)生和積累有害物質(zhì)；三是對生態(tài)環(huán)境無不良影響。微生物肥料基本符合以上三原則。我國已用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農(nóng)產(chǎn)品污染，而且能夠改善農(nóng)產(chǎn)品的品質(zhì)。
利用微生物的特定功能分解發(fā)酵城市生活垃圾及農(nóng)牧業(yè)廢棄物而制成微生物肥料是一條經(jīng)濟可行的有效途徑。已應(yīng)用的主要是兩種方法，一是將大量的城市生活垃圾作為原料經(jīng)處理由工廠直接加工成微生物有機復(fù)合肥料；二是工廠生產(chǎn)特制微生物肥料(菌種劑)供應(yīng)于堆肥廠(場)，再對各種農(nóng)牧業(yè)物料進行堆制，以加快其發(fā)酵過程，縮短堆肥的周期，同時還提高堆肥質(zhì)量及成熟度。另外還有將微生物肥料作為土壤凈化劑使用。
改良土壤
微生物肥料中有益微生物能產(chǎn)生糖類物質(zhì)，占土壤有機質(zhì)的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結(jié)合在一起，可以改善土壤團粒結(jié)構(gòu)，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質(zhì)形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。